Khấu trừ thuế GTGT của Chi nhánh Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Thủy sản Miền Trung được quy định như thế nào nếu trụ sở chính công ty xuất hóa đơn cùng thời điểm mở tờ khai hải quan cho chí nhánh công ty thì chi nhánh công ty có được khai thuế GTGT đầu vào không?

            Tại CV số 3710/TCT-CS ngày 23/10/2012 Của TCT trả lời công văn số 80/CV-CT ngày 31/07/2012 và công văn số 105/CV-CT ngày 24/8/2012 của Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Thuỷ Sản Miền Trung đề nghị hướng dẫn vướng mắc về việc khấu trừ thuế thuế giá trị gia tăng của Chi nhánh Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Thuỷ Sản Miền Trung tại Hà Nội. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

            Căn cứ điểm 2 mục I Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT hướng dẫn: Thời điểm xác định thuế GTGT như sau:                   “- Đối với bán hàng hoá là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hoá cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền

            - Đối với hàng hoá nhập khẩu là thời điểm đăng ký tờ khai hải quan".

            Căn cứ điểm 1.3 mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn diều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đâu vào: "a) Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhan nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

            b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hang hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT" và tại Điểm 4.2 Công văn số 10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 của Bộ Tài chính về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hành để khấu trừ, hoàn thuế GTGT quy định:

            "4.2 Trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp có đơn vị hạch toán phụ thuộc có phát sinh hoá đơn GTGT nhưng không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì quan hệ thanh toán tiền hàng mang tính chất thanh toán nội bộ giữa công ty và chi nhánh hoặc giữa công ty trong tập đoàn vẫn đủ điều kiện được khấu trừ thuế GTGT."
"Ngày lập hóa đơn đối với bán hàng hoá là thời điểm chuyển giao quyền sở
hữu hoặc quyền sử dụng hàng hoá cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền".

            Căn cứ hướng dẫn trên, nếu trong năm 2011 và tháng 01, 02 năm 2012 Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung nhập khẩu nguyên vật liệu, vật tư là hạt nhựa, giấy làm vỏ bao bì xi măng từ nước ngoài, khi hãng tàu thông báo hàng đến thì Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung tiên hành làm thủ tục mở Tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu, đồng thời xuất luôn hoá đơn GTGT bán hàng theo giá trị của tờ khai đó cho Chi nhánh của Công ty tại Hà Nội. Do đó, ngày trên hoá đơn bán hàng chênh lệch so với ngày xác nhận thông quan (hàng nhập về và xuất cho Chi nhánh) (cụ thể gồm 18 tờ hóa đơn giá trị gia tăng của 18 tờ khai hải quan nhập khẩu tại Bảng kê tờ khai hải quan đính kèm công văn số 105/CV-CT ngày 24/8/2012 từ ngày 17/11/2011 đến ngày 31/01/2012) .

            Đối với các hoá đơn này, Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung đã lập cùng ngày mở tờ khai hải quan nhưng trước ngày thông quan (từ 01 đến 03 ngày) và đã thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra tại Cục thuế TP Đà Nẵng  (Cục thuế thành phố Đà Nẵng xác nhận tại văn bản số 1922/CT-KK&KTT ngày 05/7/2012) thì đề nghị Cục thuế thành phố Hà Nội căn cứ. quy định và tình hình thực tế của Chi nhánh Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung tại Hà Nội để hướng dẫn doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của các hóa đơn nêu trên theo quy định tại điểm 1.3 mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính và Điểm 4.2 Công văn số 10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 của Bộ Tài chính.

            Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung và Chi nhánh Công ty Cổ phần XNK Thủy Sản Miền Trung tại Hà Nội chịu trách nhiệm hoàn toàn về tính chính xác của việc mua bán hàng hóa và thời điểm lập hóa đơn của bên bán giao cho bên mua.